抗性澱粉不像一般澱粉可隨即被分解，這種特性有很重要的生理意義。研究顯示抗性澱粉會通過小腸進入大腸(結腸)，被腸道細菌發酵產生重要的代謝物，這些代謝物具有重要的生理影響，包括可減少大腸癌前驅物、調節大分子營養物質代謝、調節荷爾蒙分泌、改善生理和心理健康等。